История ОАО "Метрострой" началась 21 января 1941 года, когда народный комиссар путей сообщения Лазарь Моисеевич Каганович подписал приказ об образовании в Ленинграде Строительства №5 НКПС.

Планировалось построить в городе метрополитен, который бы объединил городские вокзалы и облегчил транспортную ситуацию. Строительство началось только после войны, в это же время организация была переименована в "Ленметрострой", а в 1991 году, после приватизации, — в ОАО "Метрострой".